伊斯蘭的傳播史上并無”臺(tái)灣伊斯蘭”或”臺(tái)灣穆斯林”的記載，因?yàn)橐了固m世界是指西起西北非、中非、北非、東非、阿拉伯世界、土耳其、伊朗、中亞、印度、巴基斯坦、東南亞馬來世界、中國屬地的維吾爾斯坦（Uyghurstan，現(xiàn)代中文或稱為『新疆』）等區(qū)域，以穆斯林人口為主體之國家或地區(qū)，臺(tái)灣并非伊斯蘭世界的一部分。臺(tái)灣（或中國）的漢語穆斯林屬于宗教少數(shù)群體，漢文史料也鮮少記錄穆斯林進(jìn)入臺(tái)灣本島；間接數(shù)據(jù)顯示，中國穆斯林進(jìn)入臺(tái)灣只有兩階段，第一階段是在1661年左右（明朝末年），鄭成功撤退臺(tái)灣建立政權(quán)時(shí)，當(dāng)時(shí)一些福建的穆斯林家族隨著國姓爺進(jìn)入臺(tái)灣。這些穆斯林的后代大多散居在臺(tái)灣西岸的城鎮(zhèn)，如鹿港、基隆、蘇澳、淡水、彰化等地，主要以漁耕為生，為臺(tái)灣最早之穆斯林，但因長期與中國及伊斯蘭世界的穆斯林社群交流切斷，漸漸同化于漢人的宗教、社會(huì)傳統(tǒng)中，伊斯蘭信仰認(rèn)同也隨之消失。

日治時(shí)期也沒有穆斯林社群存在的相關(guān)記載，穆斯林大都散居于漢人社群中。根據(jù)連橫《臺(tái)灣通史》記載，20世紀(jì)初期的臺(tái)灣，不見有伊斯蘭的傳教，穆斯林相當(dāng)少，大多來自中國。臺(tái)灣穆斯林與一般漢人混居而同化于其社群的現(xiàn)象最明顯的例子是鹿港一處郭家漁村。郭家村人自稱其祖先為穆斯林，雖然后代子孫已改信佛教或一般中國民間信仰，并且對伊斯蘭一無所知。然而，他們在祭拜祖先時(shí)卻不用豬肉，表示對先祖的尊重，這是一個(gè)很明顯的同化例子。

絕大多數(shù)的中國穆斯林對伊斯蘭法及教義并不了解，因?yàn)樗麄兩钤谝粋€(gè)非伊斯蘭的環(huán)境中，并沒有接受傳統(tǒng)的伊斯蘭經(jīng)學(xué)教育，甚至連古蘭經(jīng)、圣訓(xùn)都不知道，更遑論伊斯蘭法，這種現(xiàn)象一直到民國時(shí)期對外交通開放后才有所改變。

基隆也有穆斯林后裔將阿拉伯文的古蘭經(jīng)供奉在祖先的神案上，這些人并不懂阿拉伯文，也不知那是古蘭經(jīng)，只認(rèn)為這是歷代祖先流傳下來的傳家寶圣書。西方學(xué)者也發(fā)現(xiàn)在臺(tái)南地區(qū)有幾戶人家在喪葬的禮儀完全遵守伊斯蘭的規(guī)矩，亦即洗凈尸體并以白布包裹，但這些穆斯林的后代已完全同化成為一般的臺(tái)灣漢人，只不過保留了幾個(gè)伊斯蘭儀式的跡象而已。這種同化的現(xiàn)象除因?yàn)榕c伊斯蘭世界隔絕所致，另一個(gè)原因是與非穆斯林的通婚而融入漢人傳統(tǒng)中。這顯示早期伊斯蘭雖然隨中國穆斯林而傳入臺(tái)灣，但是其傳統(tǒng)卻因?yàn)闆]有宣教活動(dòng)或宗教教育機(jī)構(gòu)得以保留下來。

第二階段是在1949年，中國各地大約有2萬多位穆斯林（或稱7萬多人），隨著國民黨政府撤退而來，主要集中在臺(tái)北、臺(tái)中、高雄等大都市，這些穆斯林大部分是國民黨員，并從事公職，尤其是軍旅與外交、國會(huì)等重要部門。他們到臺(tái)灣后，形成一個(gè)穆斯林少數(shù)群體的社群。在”忠黨愛國”、”政教分離”、”尊崇儒家”的口號(hào)下，伊斯蘭在臺(tái)灣的發(fā)展并無實(shí)質(zhì)的表現(xiàn)。這些所謂現(xiàn)代化（或世俗化）的穆斯林，對于伊斯蘭在臺(tái)灣的發(fā)展并無直接作用，這或許是在大環(huán)境政治壓力下的一種妥協(xié)。根據(jù)西方學(xué)者的觀察，伊斯蘭基本的五功（念、禮、齋、課、朝）等宗教傳統(tǒng)似乎沒有被全然地遵守，宗教儀式對穆斯林個(gè)人亦無多大約束。

中國自五四運(yùn)動(dòng)后，一向標(biāo)榜科技理性，去除宗教迷信。國民黨政府對宗教所采取的態(tài)度仍屬漢代的”獨(dú)尊儒家”（新儒家）。在這種情況下，非正統(tǒng)宗教，尤其是新興宗教，或非漢人宗教常不受到注重，甚至于被視為異端。然而，由于遷臺(tái)的穆斯林不少在政府部門位居要職，而且中華民國政府早期又與一些阿拉伯國家維持邦交關(guān)系，因此伊斯蘭雖然不被打壓，但也能平和地生存下去。臺(tái)北大清真寺的建立，固然是阿拉伯國家所捐助建蓋，但它有如中華人民共和國的北京”牛街清真寺“，是中華民國政府對穆斯林國家擴(kuò)展外交空間的一個(gè)窗口。然而，臺(tái)北大清真寺的建立似乎并無帶動(dòng)伊斯蘭在臺(tái)灣島內(nèi)的傳播發(fā)展。

孫中山革命時(shí)提倡五族共和，中華民國的建立將穆斯林（回民）帶入一個(gè)自由、現(xiàn)代、更漢化的時(shí)空里。中國的穆斯林也因此而分成兩大群體：較西化（或世俗化）與保守傳統(tǒng)。通常中國內(nèi)陸西北地區(qū)的穆斯林是屬于后者，江南、東南地區(qū)穆斯林則屬于前者。隨著國民政府來臺(tái)的中國回教協(xié)會(huì)源自于1937年在中國所成立的組織，成員干部很多是政府官員（新儒家學(xué)說的支持者）；自1959年以來比較具體的宗教活動(dòng)成果是完成兩部古蘭經(jīng)的翻譯及出版供教胞使用的伊斯蘭基本教義的宣傳品，也出版雙月刊《中國回教》雜志，服務(wù)穆斯林社群。中國回教協(xié)會(huì)雖非正式的官方機(jī)構(gòu)，但對中華民國外交工作卻有相當(dāng)大的貢獻(xiàn)，尤其是與穆斯林石油國家的外交工作。

臺(tái)灣穆斯林的組織除中國回教協(xié)會(huì)外，中國回教青年會(huì)是另一個(gè)機(jī)構(gòu)，成立于中日戰(zhàn)爭時(shí)期的中國東北地區(qū)，主旨在團(tuán)結(jié)穆斯林青年參與戰(zhàn)爭。根據(jù)觀察，中國回教青年會(huì)成員似乎比中國回教協(xié)會(huì)的成員更為漢化，尤其在禮拜宣教時(shí)盡量采用中文，并且也采納漢人民間的一些傳統(tǒng)風(fēng)俗，如喪禮方面。中國回教青年會(huì)在臺(tái)北建有文化清真寺，雖不具規(guī)模，卻有對青年做文化宣傳的功能。中國回教青年會(huì)的成員常被中國回教協(xié)會(huì)成員否定其宗教的認(rèn)同，甚至斥之為異端創(chuàng)新；就穆斯林居住在非伊斯蘭境域（稱為Dar al-Harb，即戰(zhàn)爭境域），教導(dǎo)穆斯林如何把持宗教信仰的教法來看，中國回教青年會(huì)成員似乎向異教做較大的妥協(xié)，原因之一可能是鮮少與伊斯蘭世界接觸。

雖然中國回教協(xié)會(huì)與中國回教青年會(huì)皆未曾積極對外傳教，但仍有一些改宗者，主要途徑是通婚。然而，改宗者是否成為一個(gè)全然的穆斯林，力行伊斯蘭教義、法規(guī)，則值得探討研究，畢竟在臺(tái)灣無法像在其他伊斯蘭國家中有集體的社群壓力以規(guī)范改宗者全然地改變宗教信仰與生活。

伊斯蘭在中國從來沒有統(tǒng)一的現(xiàn)象。各地方的穆斯林社群皆源自不同地區(qū)，而且中國內(nèi)地與邊陲地區(qū)在漢化過程中亦有深淺之分，因此對宗教儀式的把持與教義的詮釋更會(huì)有所出入。在中華民國建立之初，中國各地穆斯林社群并非全然地支持中央政府；在軍閥時(shí)期或抗日時(shí)期，整個(gè)中國的穆斯林社群是分裂狀況。這種因政治理念不同而分裂的現(xiàn)象亦隨國民政府帶入臺(tái)灣。臺(tái)北清真寺足夠容納臺(tái)北市穆斯林作禮拜所需，然而又有文化清真寺的產(chǎn)生，無疑是地方派系所致。臺(tái)北清真寺與北京牛街清真寺的阿訇（Akhund）體系有直接關(guān)系，而文化清真寺的主持者則來自東北潘陽之穆斯林社群，基本上這二個(gè)社群的宗教人士對伊斯蘭的認(rèn)知不同，尤其在所謂現(xiàn)代化的議題上。

此二清真寺沖突分裂的原因是政治力量的介入。臺(tái)北大清真寺建立之初衷在接待穆斯林國家的重要外賓，更是對外國際政治關(guān)系運(yùn)作的工具，固定接受政府及國民黨的補(bǔ)助，因此有如半官方的機(jī)構(gòu)，每逢國家慶典必須懸掛中華民國國旗。文化清真寺則完全由私人捐款建蓋，是屬于”人民的清真寺“，比較不在乎與政府配合而專注于宗教活動(dòng)。因此文化清真寺的成員常指責(zé)臺(tái)北大清真寺的支持者為政治的附庸而缺乏伊斯蘭精神信仰的修持。在儀式方面，臺(tái)北大清真寺與文化清真寺的宗教活動(dòng)也有歧見，特別是在節(jié)慶、喪禮的儀式方面。臺(tái)北大清真寺因?yàn)榕c阿拉伯國家較有接觸，1970年中，清真寺伊瑪目（教長，Imam）由華裔沙烏地籍宗教學(xué)者馬吉祥擔(dān)任。沙特阿拉伯自建國以來就強(qiáng)調(diào)執(zhí)行瓦哈比（Wahhabiyyah）之原教旨主義（Salafiyyah）實(shí)行嚴(yán)苛的漢巴里法學(xué)派（Hanbalism）。因此常常對非阿拉伯式的伊斯蘭儀式、傳統(tǒng)予以批判，臺(tái)北清真寺的支持者在沙烏地籍伊瑪目的帶領(lǐng)下，似乎較傾向中東的伊斯蘭教義、儀式的實(shí)踐。而文化清真寺的伊瑪目在主持儀式時(shí)，常會(huì)采取漢人的民俗傳統(tǒng)，如拿香祭拜、為亡者走墳及念古蘭經(jīng)拿錢等。臺(tái)北大清真寺所舉行的宗教儀式在與阿拉伯國家接觸后（派遣經(jīng)學(xué)生到沙烏地、利比亞留學(xué)，研習(xí)伊斯蘭經(jīng)學(xué)），對傳統(tǒng)中國穆斯林所遺留下來的儀式有所謂凈化的傾向，尚有一些外在政治力量的介入，導(dǎo)致兩寺的較勁沖突。然而，隨著時(shí)間消逝、主事者的去世，文化清真寺步入凋零，現(xiàn)今甚少本地穆斯林前往做禮拜，只有一些東南亞外勞，或南亞穆斯林以此作為其社群活動(dòng)場所。

嚴(yán)格而言，與伊斯蘭中土（中東地區(qū)）相比，臺(tái)灣似乎只有穆斯林，而無伊斯蘭。內(nèi)政部的調(diào)查資料，1970年代以來，穆斯林人口銳減，正式登記的穆斯林人口只有2千多人。早期相當(dāng)多的年輕穆斯林前往阿拉伯國家留學(xué)；如今，新生代的穆斯林則少有意愿者，導(dǎo)致各清真寺的伊瑪目大多非本國籍。各地清真寺也淪為少數(shù)虔誠穆斯林的宗教活動(dòng)空間，主麻禮拜（星期五的聚禮）時(shí)出現(xiàn)在清真寺者，外國籍穆斯林多于本國籍，而本國籍穆斯林老人多于年輕者。步入21世紀(jì)，臺(tái)灣的穆斯林社群呈現(xiàn)衰微現(xiàn)象，伊斯蘭的傳統(tǒng)似乎逐漸凋零，不少新生代穆斯林出教，甚至改宗信仰其他宗教，不少人到中國定居，或移民到別的國家。這也是臺(tái)灣穆斯林社群萎縮的原因。雖然，中國移民來的穆斯林人口遞減，但是外籍的穆斯林透過通婚，或是經(jīng)商、工作定居于臺(tái)灣，逐漸形成一個(gè)新的穆斯林社群。但新、舊社群之間未必有交集。