穆薩·阿爾斯蘭汗在實(shí)現(xiàn)喀喇汗王朝的伊斯蘭化，鞏固了自己的統(tǒng)治地位后，開始了對(duì)外擴(kuò)張。當(dāng)時(shí)，薩曼王朝由于不斷的內(nèi)訌而勢(shì)力大減，而且八拉沙袞的副汗蘇來曼足以牽制這個(gè)老對(duì)手，薩曼王朝已難以構(gòu)成對(duì)自己的威脅。另外薩曼王朝是一個(gè)伊斯蘭教政權(quán)，這就失去了“圣戰(zhàn)”的口實(shí)，難以激起穆斯林士兵的宗教狂熱，不利于戰(zhàn)勝對(duì)手。穆薩·阿爾斯蘭汗決定選擇于闐佛教王國為征服目標(biāo)。于闐當(dāng)時(shí)執(zhí)政的是李氏家族，該家族長(zhǎng)期統(tǒng)治于闐，世代篤信佛教，對(duì)喀喇汗王朝強(qiáng)迫佛教徒改宗伊斯蘭教的做法非常不滿，當(dāng)喀什噶爾的佛教徒發(fā)動(dòng)反抗強(qiáng)制改宗的暴動(dòng)時(shí)，于闐給予了支持。這就給喀喇汗王朝提供了“圣戰(zhàn)”的口實(shí)。

上世紀(jì)初在敦煌發(fā)現(xiàn)了一件和闐文書《于闐王尉遲蘇拉于沙州大王曹元忠書》。這是于闐王尉遲蘇拉在占領(lǐng)喀什噶爾后，向沙州大王、歸義軍節(jié)度使曹元忠報(bào)告攻占喀什噶爾的戰(zhàn)爭(zhēng)經(jīng)過和今后打算的一封書信。從信尾署年推斷，喀喇汗王朝與于闐李氏王朝這次宗教戰(zhàn)爭(zhēng)的爆發(fā)時(shí)間最遲不晚于公元962年，也就是穆薩·阿爾斯蘭汗宣布伊斯蘭教為國教的兩年后。戰(zhàn)爭(zhēng)初期，于闐由于得到信仰佛教的高昌回鶻和吐蕃的支持，占據(jù)了優(yōu)勢(shì)。經(jīng)過八年的戰(zhàn)爭(zhēng)，于闐軍隊(duì)占領(lǐng)了喀什噶爾，當(dāng)?shù)鼐用裢L(fēng)歸順，穆薩·阿爾斯蘭汗戰(zhàn)敗后逃往中亞，他的“寶物、妻子、大象、良馬及其他，還有他部下的財(cái)物”，都成了于闐軍隊(duì)的戰(zhàn)利品。于闐在占領(lǐng)喀什噶爾后，一邊安撫百姓，樹立傀儡政權(quán)，一邊遣使分頭向宋朝和沙州曹元忠報(bào)告獲勝消息和今后打算，并送上所繳獲的部分戰(zhàn)利品。派往宋朝的使者是一位名叫吉祥的佛教僧侶，送給宋朝的貢品就是從喀什噶爾繳獲的一頭會(huì)跳舞的大象?！端问贰酚涊d：開寶四年(公元971年)，“其國(于闐)僧吉祥以其國王書來上，自言破疏勒國得舞象一，欲以為貢，詔許之”。于闐所以要向宋朝報(bào)告戰(zhàn)況并進(jìn)貢大象，一方面是地方政權(quán)向中央政府應(yīng)有的例行公事，另一方面是對(duì)宋朝在戰(zhàn)爭(zhēng)期間給予于闐的道義上的支持表示感謝。

喀什噶爾之戰(zhàn)后的20多年里，-戰(zhàn)爭(zhēng)進(jìn)入了拉鋸狀態(tài)。雙方之間互有攻守，小規(guī)模戰(zhàn)斗時(shí)有發(fā)生。在此期間，喀喇汗王朝奪回了喀什噶爾，穆薩·阿爾斯蘭汗去世。公元998年，一支3萬人的于闐軍隊(duì)再次挺進(jìn)到喀什噶爾城下，并對(duì)這座城市進(jìn)行了長(zhǎng)期圍困。當(dāng)時(shí)喀喇汗王朝的大汗是穆薩之子阿里·阿爾斯蘭汗。長(zhǎng)期圍困造成城內(nèi)發(fā)生饑荒，民心浮動(dòng)。阿里·阿爾斯蘭汗只得出城背水一戰(zhàn)，結(jié)果于闐軍隊(duì)?wèi)?zhàn)敗，撤退到兩國邊界的英吉沙一帶。阿里·阿爾斯蘭汗隨后率軍跟蹤追擊，雙方在這里形成對(duì)峙的態(tài)勢(shì)。伊斯蘭教教歷388年(公元998年)1月末，兩軍在烏達(dá)卡拉展開激戰(zhàn)，于闐軍隊(duì)乘喀喇汗王朝軍隊(duì)禮拜之機(jī)突然發(fā)起進(jìn)攻，喀喇汗王朝軍隊(duì)大敗，大批將士戰(zhàn)死，阿里·阿爾斯蘭汗也在激戰(zhàn)中陣亡。后來穆斯林群眾在他陣亡的地方為他建造了陵墓；這座以奧當(dāng)麻扎著稱的陵墓至今尚存。

阿里·阿爾斯蘭汗死后，長(zhǎng)子阿赫馬德·托干汗繼位。阿赫馬德·托干汗執(zhí)政后，繼續(xù)同于闐作戰(zhàn)。不久，喀什噶爾發(fā)生了反對(duì)伊斯蘭教的暴動(dòng)，于闐乘機(jī)出兵，一舉占領(lǐng)喀什噶爾。阿赫馬德·托干汗不得不派其堂兄弟玉素甫·卡迪爾汗前往中亞，向副汗求援。副汗派出了一支由四位伊瑪目率領(lǐng)的四萬人的軍隊(duì)，隨玉素甫·卡迪爾汗火速趕往喀什噶爾。由于這支生力軍的參戰(zhàn)，喀喇汗王朝士氣大振，戰(zhàn)局急轉(zhuǎn)直下。早已疲于戰(zhàn)爭(zhēng)的于闐軍隊(duì)漸漸不支，開始潰退，喀喇汗王朝收復(fù)了喀什噶爾。玉素甫·卡迪爾汗進(jìn)入喀什噶爾后，征集了兩萬名穆斯林士兵，連同原來的軍隊(duì)，號(hào)稱14萬大軍?？雇醭能婈?duì)經(jīng)過準(zhǔn)備開始向和闐進(jìn)發(fā)。在葉城的庫姆熱瓦特兩軍展開了激戰(zhàn)，從中亞來的四位伊瑪目之一的穆依丁陣亡，喀喇汗王朝在付出了沉重的代價(jià)后，打敗了于闐軍隊(duì)。1006年喀喇汗王朝終于攻占和闐城，滅亡于闐李氏王朝。

和闐城陷落后，一支逃到位于波婁之路的山上的于闐軍隊(duì)被追兵消滅。另一支退往東部山區(qū)；同當(dāng)?shù)鼐用褚黄?，繼續(xù)同喀喇汗王朝軍隊(duì)?wèi)?zhàn)斗。他們利用伊斯蘭占領(lǐng)者不熟悉地形的有利條件，不斷出擊；進(jìn)行了頑強(qiáng)的抵抗。在策勒波斯坦的一次戰(zhàn)斗中，四位伊瑪目中所剩的三位伊瑪目全部被反抗的佛教徒打死，當(dāng)?shù)刂两袢源嬗忻麨?ldquo;四伊瑪目麻扎”的墳?zāi)?。于闐佛教徒的反抗大約持續(xù)了半個(gè)多世紀(jì)才逐漸停息下來。所以，于闐民間至今還有于闐和喀喇汗王朝“百年戰(zhàn)爭(zhēng)”之說。

伊斯蘭教憑借武力，即以“圣戰(zhàn)”的方式傳播到于闐地區(qū)；結(jié)束了佛教在這里千余年的統(tǒng)治。這是伊斯蘭教傳人新疆后，對(duì)佛教的一次沉重的武力打擊。從此，佛教勢(shì)力基本上退出了塔里木盆地西部和南部地區(qū)，這個(gè)傳統(tǒng)的佛教地區(qū)成為伊斯蘭教地區(qū)和伊斯蘭教繼續(xù)向新疆其他地區(qū)傳播的重要基地。

喀喇汗王朝和于闐佛教王國的這場(chǎng)曠日持久的宗教戰(zhàn)爭(zhēng)，時(shí)間之長(zhǎng)在世界歷史上是罕見的。在近一個(gè)世紀(jì)的時(shí)間里，塔里木盆地西部至南部地區(qū)成為刀光劍影、硝煙彌漫的戰(zhàn)場(chǎng)。長(zhǎng)期的戰(zhàn)爭(zhēng)給南疆地區(qū)的社會(huì)經(jīng)濟(jì)造成了空前嚴(yán)重的破壞，給廣大勞動(dòng)人民帶來了沉重的災(zāi)難。千百萬人或家破人亡，或流離失所，人口銳減，田園荒蕪，嚴(yán)重阻滯了南疆社會(huì)的發(fā)展。